En el siglo XVI, la Abadía de Escaladieu pasó a tener una nueva organización interna: los comendatarios. En ese momento su dirección se confió a un abad comendatario, nombrado por la realeza que no residía en el lugar, aunque en algunos períodos esta norma no se cumplió estrictamente.
Aunque en algunas ocasiones la institución de la encomienda desempeñó un papel de desestabilizador en el plano espiritual, también generó cambios en la arquitectura de Escaladieu. Así, en el siglo XVIII se construyó una nueva ala en el noreste, que acogía las estancias de los abades comendatarios. En la planta superior podemos observar un gran salón cuadrado y una galería que se abre a cinco salones, todos ellos generosamente iluminados por grandes ventanas y ojos de buey.